Universitas Kuningan (UNIKU) didirikan sebagai perwujudan dari idealisme dan komitmen Yayasan Pendidikan Sang Adipati Kuningan untuk terus menerus berkarya khususnya dalam bidang peningkatan sumber daya manusia menuju peningkatan mutu kehidupan masyarakat pada umumnya.
gagasan tentang pendirian Universita di Kuningan sebelumnya telah ada sejak tahun 1979 ketika yayasan ini di dirikan. Namun karena keterbatasan sumber daya, baik sumber daya manusia maupun keuangan, maka niat itu tidak bisa langsung diwujudkan. karena keterbatasan itu Yayasan menggunakan strategi bertahap untuk mendirikan sekolah tinggi-sekolah tinggi sebagai cikal bakal berdirinya Universitas.
sekolah tinggi pertama lahir pada tahun 1985 yaitu Sekolah Tinggi keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Kuningan. STKIP ini memiliki tiga jurusan/program studi yaitu Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, Pendidikan Biologi, dan Pendidikan Ekonomi.
Sekolah tinggi kedua lahir pada tahun 1995 yaitu Sekolah tinggi Ilmu Ekonomi (STIE). Sekolah tinggi ilmu ekonomi memiliki dua jurusan/prodi yaitu Akuntansi dan Manajemen.
Sekolah tinggi ketiga yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Kehutanan (STIKU) dan keempat Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) kuningan lahir hampir bersamaan pada tahun 2001. STIKU kuningan memiliki dua jurusan/prodi yaitu Budidaya Hutan dan Konservasi Hutan. Sedangkan STMIK memiliki empat jurusan/prodi yaitu Teknik Informatika (S-I), Teknik Informatika (D-III), Sistem Informatika (S-I), dan Sistem Informasi (D-III).
Setelah memiliki empat sekolah tinggi, Yayasan telah merasa cukup pengalaman untuk mendirikan Universitas. oleh karena itu pengembangan keempat sekolah tinggi lantas dilaksanakan.
berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor : 62/D/O/2003 tanggal 6 Juni 2003, berdirilah Universitas Kuningan yang merupakan penggabungan keempat Sekolah Tinggi yang ada dibawah naungan Yayasan pendidikan Sang Adipati Kuningan. Berdirinya Universitas Kuningan diharapkan dapat menjadi kebanggaan masyarakat Kuningan. Universitas ini diresmikan oleh Menteri Pendidikan Nasioan Prof. A, Malik Fajar, M.Sc pada tanggal 17 Juni 2003.
pada tahun 2006 Universitas Kuningan membuka dua program studi baru, yaitu Proi Pendidikan Bahasa Inggris (S-I) dan Prod Pendidikan Ekonomi (S-2) Magister. Pada tahun 2011 Profi Magister menambah satu prodi baru yakni Prodi Pendidikan Biologi (S-2) Magister, tahun 2012 dibuka prodi Ilmu Hukum (S-I) dan prodi Pendidikan Matematika (S-1).